- Coralinos: Los organismos encargados de la formación de los arrecifes coralinos y de formar su estructura básica, son los pólipos de coral. Estos pequeños animales pertenecen junto con las medusas y anémonas al grupo de los cnidarios (del griego, cnide, ortiga y del latín arium, arma), (Phyllum: Cnidaria). Los corales son animales que viven unidos formando colonias de hasta miles de individuos llamadas coral. Al conjunto de varias colonias de diferentes especies de coral las conocemos como arrecifes coralinos. Los arrecifes coralinos según su origen, configuración y situación con respecto a tierra firme son catalogados en: Arrecifes costeros: de aguas someras, bordeando costas, muy cerca de la costa o separados por un estrecho brazo de agua de poca profundidad; Arrecifes de barrera: dispuestos paralelamente a la costa, pero muy alejados de ella, casi siempre separados por un canal que puede tener, en algunos casos hasta 100 metros de profundidad. Estos arrecifes son de mayor tamaño que los costeros; Arrecifes de plataforma: de forma plana y alargada en su parte superior que se debe a la acción de los vientos y las corrientes; Atolones: anillos de islas de coral, que generalmente se encuentran en mar abierto y están asociados a conos volcánicos.
- Rocosos: Otro tipo de arrecifes no menos importantes que los coralinos son los arrecifes rocosos, formados por bloques de roca de diferentes tamaños distribuidos en el fondo que sirven de sustrato a una infinidad de algas e invertebrados así como refugio de peces, estos se encuentran en el norte del Golfo de California y en sus islas y en las costas de Sonora y Sinaloa.
- Artificiales: Recientemente se han creado arrecifes artificiales constituidos por bloques de rocas de gran tamaño, estructuras de barcos hundidos y pilotes de cemento. Todos ellos sirven de refugio y sustrato a muchos organismos invertebrados y vertebrados, incluyendo a los propios corales. La creación de arrecifes artificiales tiene la función de disminuir la presión sobre los arrecifes naturales, además de crear más sitios de refugio y reproducción de peces que actúen como repobladores de otros sitios y crear sitios alternativos para el buceo. Se han construido arrecifes artificiales en el Golfo de California, Guerrero, Campeche, Yucatán y Quintana Roo.
Flora y fauna
Sitios prioritarios Federales
En México existen sistemas arrecifales muy importantes como:
Pacífico. En la zona del Pacífico los arrecifes son relativamente pequeños y se encuentran geográficamente aislados entre sí.
- Parque Nacional Cabo Pulmo
- Bahía de La Paz
- Los Frailes
Costas Nayarit
- Isla Jaltemba
- Bahía Banderas
Costas de Jalisco
- Bahía Tenacatita
- Islas Marietas
- Cabo Corrientes
- Zihuatanejo
Costas de Oaxaca
- Puerto Escondido
- Puerto Ángel
- Parque Nacional Huatulco